En la capital almeriense también se procedió a la construcción de una gran obra. Se trata de la Catedral de la Encarnación. Tras el terremoto que en 1522 destruyó el templo que había existido anteriormente, se comenzó un nuevo edificio de características tan singulares como valiosas para el patrimonio local. Su aspecto de fortaleza la hace única en la Península. Dicha apariencia se explica por la necesidad de protección ante las sublevaciones moriscas y el ataque de los piratas del Mediterráneo, que hacían muy insegura la ciudad. Por ello, se privilegiaban los elementos defensivos sobre los decorativos. Consta de torreones, almenas y contrafuertes, así como de muros bajos, ideados para que soportasen mejor los impactos. También es característica su cubierta, plana, para poder situar sobre ella cañones de artillería en caso de necesidad. Su portada, obra de Juan de Orea en estilo renacentista, destaca el mensaje de poder y religiosidad característico de la época.